A ocupação humana da Berlenga Grande (única habitável) remonta à Antiguidade, sendo assinalada como ilha de Saturno pelos geógrafos Romanos. Posteriormente foi visitada por navegadores Muçulmanos, Vikings, corsários Franceses e Ingleses.Ignora-se a data do início das obras de construção do Forte de S. João Baptista na Berlenga mas, já em 1655, quando ainda em construção, resistiu com sucesso ao seu primeiro assalto, ao ser bombardeada por três embarcações de bandeira turca. Em 1666, no contexto da tentativa de rapto da princesa francesa Maria Francisca Isabel de Saboia, noiva de Afonso VI (1656-67), uma esquadra espanhola integrada por 15 embarcações intentou a conquista do forte, defendido por um efectivo de pouco mais de duas dezenas de soldados sob o comando do Cabo Antônio Avelar Pessoa. Numa operação combinada de bombardeio naval e desembarque terrestre os atacantes perderam, em apenas dois dias, 400 soldados em terra e 100 nos navios (contra um morto e quatro feridos pelos defensores), sendo afundada a nau Covadonga e seriamente avariadas outras duas, afundadas no regresso a Cádiz. Posteriormente sofreu obras de restauração, com a reedificação da Capela em seu interior. Sem maior valor militar, diante da evolução dos meios bélicos no século XIX, foi desartilhada (1847) e abandonada passando a ser utilizada como base de apoio para a pesca comercial. Em meados do século XX foi parcialmente restaurada e aberta ao turismo adaptada como pousada. Actualmente funciona apenas como casa-abrigo, sob a gestão da Associação dos Amigos das Berlengas.